Het ontstaan van het Hoger Instituut voor Schone Kunsten is terug te brengen tot het Koninklijk Besluit van 27 maart 1885, waarin werd besloten over de voortgezette hogere cyclus waartoe het HISK behoorde. Als onderdeel van de Academie van Antwerpen voorzag het instituut zowel praktische als theoretische opleidingen voor de kandidaat-laureaten in de beeldende kunsten en architectuur. Na de afsplitsing van de architectuurafdeling in 1946 ging het instituut verder onder de naam NHISK, het Nationaal Hoger Instituut voor de Schone Kunsten. De inrichting van de opleiding bleef voor een lange tijd grotendeels onveranderd, tot er in de jaren zeventig werd besloten de vaste professoren te vervangen door gastdocenten.
Met het Hogescholendecreet van 1994 verloor het NHISK als onderdeel van de Academie zijn bestaansrecht. Willem Elias, die op dat moment al in de aparte adviesraad voor het Instituut zetelde, besloot samen met algemeen directeur Johan Swinnen het concept van NHISK verder te zetten via een nieuw opgerichte vzw, het HISK. In 1996 ging het Hoger Instituut voor Schone Kunsten van start. De duur van de opleiding werd gereduceerd tot twee jaar en er werden nieuwe pedagogische concepten ontwikkeld, gestaafd op drie kernconcepten. Het eerste concept, de technisch-artistieke voorbereiding, legt de focus op de kennis van het creatieproces. De kunstenaars leren omgaan met de technische kant van het creëren terwijl ze zichzelf ook verdiepen in het mentale proces achter de creatie. De creatief-artistieke ontwikkeling wordt als tweede concept gekoppeld aan het werken met en in het atelier van een gerenommeerde meester. Het derde kernconcept, wetenschappen die dienen als culturele ondersteuning, komt tot uiting in de brede waaier aan gastdocenten, lezingen en theoretische opleidingen.
Na het aftreden van Johan Swinnen in 2004 werd besloten te werken met een artistieke directeur over een periode van vijf jaar. De eerste directeur die startte in dit nieuwe systeem was Hans Martens in 2006. Zijn aanstelling loopt gelijk met de verhuizing van het HISK vanuit Antwerpen naar de Leopoldskazerne in Gent. In 2011 werd Hans Martens opgevolgd door Oscar Van den Boogaard. Aan het einde van zijn termijn werd besloten over te gaan op een periode van twee jaar per curator. Elena Sorokina was HISK curator in de periode 2017 – 2018. Daniella Géo volgde haar op in 2019 – 2020.
In 2019 is het HISK opnieuw verhuisd. Terwijl de administratie en de ateliers gehuisvest blijven binnen het complex van de Leopoldkazerne, zijn de werkplaatsen verhuisd naar een ander gebouw in Gent. Daarnaast verwierf het HISK in 2020 een afdeling in Brussel in de voormalige Gosset-fabriek in Sint-Jans-Molenbeek. Dit modernistische art-decogebouw zal een evenementen- en tentoonstellingscentrum worden.
Vanaf januari 2021 zal de werking van het HISK worden geleid door een artistieke adviescommissie en een aantal curatoren. De artistieke adviescommissie wordt aangesteld voor een periode van drie jaar en heeft als taak curatoren en gastdocenten voor te dragen en de artistiek-educatieve werking van het HISK te herdenken. Vanaf dit jaar zijn er drie curatoren aangesteld die de HISK-kandidaat-laureaten voorbereiden op hun positie als professioneel kunstenaar. In 2021 vervoegden Pieter Vermeulen, Sam Steverlynck en Anne Pontégnie de lijst van HISK-curatoren. In 2022 werden Luk Lambrecht, Sophie Lapalu en Yann Chateigné Tytelman aangesteld.
Voor 2023 vervult Sébastien Pluot de functie van curator voor de kandidaat laureaten van het tweede jaar. Jeremiah Day is de onderzoekscoördinator van het HISK voor 2023. Deze theoretische en inhoudelijke begeleiding omvat het opzetten van een dynamisch programma dat de kunstenaars werkkennis bijbrengt over onderzoek in en door de kunsten.
Hoewel het HISK over de afgelopen jaren verscheidene veranderingen heeft ondergaan, blijft het overkoepelende doel hetzelfde: kunstenaars de kans geven hun praktijk verder te ontwikkelen in een gebalanceerd programma van studio-gebonden werk en professionele adviezen, begeleiding en training. In maart 2022 besliste de Vlaamse Regering evenwel om geen nieuwe beheersovereenkomst af te sluiten met het HISK, wat de werking na 2023 hypothekeert.
In december 2023 heeft het huidige HISK zijn laatste lichting afstudeerders getoond in de laureaten tentoonstelling Worldlines. De kunstenaars komen uit een overvloed aan culturele omgevingen waardoor ze onderscheidende trajecten, praktijken en methodologieën hebben gevormd. Tijdens hun tijd in HISK bewijzen vele gelegenheden de mogelijkheid om gelijktijdigheid en verschil te verkennen.
Vanaf 2024 moet HISK zonder subsidie verder. In dit jaar van het 25-jarige jubileum, volgt dan ook tijd voor herbronning. Afgezien van het immense verlies wil het verder nadenken in hoe een dergelijk en noodzakelijke ademplek zich terug kan opwerpen in de toekomst. Het tweejarige postgraduaatprogramma is immers het enige instituut voor postacademisch kunstonderwijs in Vlaanderen. Daarmee vervult het een sleutelrol in het Belgische en met name Vlaamse kunstlandschap met internationale ambities.